Menu Cadastros > Condições de Pagamento
Para habilitar a opção com Entrada:
O tipo deve ser Parcelado - Valores Iguais.
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A opção Usar 1º vencimento deve estar habilitada.
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Com isso a opção com entrada poderá ser habilitada pelo usuário.
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Lembrando que a opção Usar 1º vencimento utiliza o primeiro como referência.